Ανώτατο όργανο της ΕΝΑΠ αποτελεί η Γενική Συνέλευση (Γ.Σ.) των μελών της η οποία συνεδριάζει υποχρεωτικά μία φορά το χρόνο μέχρι τέλος του μηνός Μαΐου (Τακτική Γενική Συνέλευση) και εκτάκτως (Έκτακτη Γενική Συνέλευση) όποτε υπάρχει ανάγκη.

Η Ένωση διοικείται από 9μελές Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) το οποίο εκλέγεται κάθε δύο χρόνια από το σύνολο των ταμειακά τακτοποιημένων μελών.

Άλλα όργανα διοίκησης είναι:

α) το Συμβούλιο Δεοντολογίας, το οποίο συγκαλείται για να εξετάσει περιπτώσεις συνεπούς εφαρμογής των αρχών επιστημονικής ηθικής και δεοντολογίας που πρέπει να διέπουν τη δράση των μελών της ΕΝΑΠ,

β) η Ελεγκτική Επιτροπή, τα τρία μέλη της οποίας, εκλέγονται ταυτόχρονα με τα μέλη του Δ.Σ. από τη Γενική Συνέλευση και ασκούν διαχειριστικές ελεγκτικές αρμοδιότητες.

Πρόεδρος:
Ευάγγελος Νικολόπουλος

(ΚΗ’ σειρά ΕΣΔΔΑ)

Πρόεδρος:
Γεώργιος Σπανουδάκης
(ΚΕ’ σειρά ΕΣΔΔΑ)

Πρόεδρος:
Γεώργιος Σπανουδάκης
(ΚΕ’ σειρά ΕΣΔΔΑ)

Πρόεδρος:
Δημήτρης Κιρμικίρογλου
(ΚΔ’ σειρά ΕΣΔΔΑ)

Πρόεδρος:
Βασίλης Σαλτερής
(ΚΓ’ σειρά ΕΣΔΔΑ)

Πρόεδρος:
Σπύρος Τσουκαλάς
(IΗ΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

Πρόεδρος:
Τάσος Σαλτερής
(IΗ΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

Πρόεδρος:
Γιάννης Αλεξάκης
(ΙΖ’ Σειρά ΕΣΔΔ)

Πρόεδρος:
Γρηγόρης Θεοδωράκης
(ΙΔ’ Σειρά ΕΣΔΔ)

Πρόεδρος:
Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου
(Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

Πρόεδρος:
Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου
(Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

Πρόεδρος:
Παναγιώτης Ζαρίφης
(ΙΑ΄ Σειρά ΕΣΔΔ) έως Ιούνιο 2002

Πρόεδρος:
Νίκος Λένος
(Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ) από Ιούνιο 2002

Πρόεδρος:
Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου
(Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

Πρόεδρος:
Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου
(Η’ Σειρά ΕΣΔΔ)

Πρόεδρος:
Αθανάσιος Παναγιωτόπουλος
(Ε΄ Σειρά ΕΣΔΔ)