Ανώτατο όργανο της ΕΝΑΠ αποτελεί η Γενική Συνέλευση (Γ.Σ.) των μελών της η οποία συνεδριάζει υποχρεωτικά μία φορά το χρόνο μέχρι τέλος του μηνός Μαΐου (Τακτική Γενική Συνέλευση) και εκτάκτως (Έκτακτη Γενική Συνέλευση) όποτε υπάρχει ανάγκη.
Η Ένωση διοικείται από 9μελές Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) το οποίο εκλέγεται κάθε δύο χρόνια από το σύνολο των ταμειακά τακτοποιημένων μελών.
Άλλα όργανα διοίκησης είναι:
α) το Συμβούλιο Δεοντολογίας, το οποίο συγκαλείται για να εξετάσει περιπτώσεις συνεπούς εφαρμογής των αρχών επιστημονικής ηθικής και δεοντολογίας που πρέπει να διέπουν τη δράση των μελών της ΕΝΑΠ,
β) η Ελεγκτική Επιτροπή, τα τρία μέλη της οποίας, εκλέγονται ταυτόχρονα με τα μέλη του Δ.Σ. από τη Γενική Συνέλευση και ασκούν διαχειριστικές ελεγκτικές αρμοδιότητες.
