Ανώτατο όργανο της ΕΝΑΠ αποτελεί η Γενική Συνέλευση (Γ.Σ.) των μελών της η οποία συνεδριάζει υποχρεωτικά μία φορά το χρόνο μέχρι τέλος του μηνός Μαΐου (Τακτική Γενική Συνέλευση) και εκτάκτως (Έκτακτη Γενική Συνέλευση) όποτε υπάρχει ανάγκη.

Η Ένωση διοικείται από 7μελές Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) το οποίο εκλέγεται κάθε δύο χρόνια από το σύνολο των ταμειακά τακτοποιημένων μελών.

Άλλα όργανα διοίκησης είναι:

α) το
Συμβούλιο Δεοντολογίας, το οποίο συγκαλείται για να εξετάσει περιπτώσεις συνεπούς εφαρμογής των αρχών επιστημονικής ηθικής και δεοντολογίας που πρέπει να διέπουν τη δράση των μελών της ΕΝΑΠ,

β) η
Ελεγκτική Επιτροπή, τα τρία μέλη της οποίας, εκλέγονται ταυτόχρονα με τα μέλη του Δ.Σ. από τη Γενική Συνέλευση και ασκούν διαχειριστικές ελεγκτικές αρμοδιότητες.

Μέχρι σήμερα το Δ.Σ. της Ένωσης Αποφοίτων έχει λειτουργήσει υπό 13 διαφορετικές συνθέσεις:

2020 – 2022

Πρόεδρος:
Γεώργιος Σπανουδάκης
(ΚΕ’ σειρά ΕΣΔΔΑ)

ΣΥΝΘΕΣΗ

2018 – 2020

Πρόεδρος:
Δημήτρης Κιρμικίρογλου
(ΚΔ’ σειρά ΕΣΔΔΑ)

ΣΥΝΘΕΣΗ

2016 – 2018

Πρόεδρος:
Βασίλης Σαλτερής
(ΚΓ’ σειρά ΕΣΔΔΑ)

2014 – 2016

Πρόεδρος:
Σπύρος Τσουκαλάς
(IΗ΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

2012 – 2014

Πρόεδρος:
Τάσος Σαλτερής
(IΗ΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

ΣΥΝΘΕΣΗ

2010 – 2012

Πρόεδρος:
Γιάννης Αλεξάκης
(ΙΖ’ Σειρά ΕΣΔΔ)

ΣΥΝΘΕΣΗ

2008 – 2010

Πρόεδρος:
Γρηγόρης Θεοδωράκης
(ΙΔ’ Σειρά ΕΣΔΔ)

2005 – 2008

Πρόεδρος:
Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου
(Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

ΣΥΝΘΕΣΗ

2003 – 2005

Πρόεδρος:
Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου
(Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

ΣΥΝΘΕΣΗ

2001 – 2003

Πρόεδρος:
Παναγιώτης Ζαρίφης
(ΙΑ΄ Σειρά ΕΣΔΔ) έως Ιούνιο 2002

ΣΥΝΘΕΣΗ

2001 – 2003

Πρόεδρος:
Νίκος Λένος
(Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ) από Ιούνιο 2002

ΣΥΝΘΕΣΗ

1999 – 2001

Πρόεδρος:
Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου
(Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

ΣΥΝΘΕΣΗ

1997 – 1999

Πρόεδρος:
Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου
(Η’ Σειρά ΕΣΔΔ)

ΣΥΝΘΕΣΗ

1996 – 1997

Πρόεδρος:
Αθανάσιος Παναγιωτόπουλος
(Ε΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

ΣΥΝΘΕΣΗ