Ανώτατο όργανο της ΕΝΑΠ αποτελεί η Γενική Συνέλευση (Γ.Σ.) των μελών της η οποία συνεδριάζει υποχρεωτικά μία φορά το χρόνο μέχρι τέλος του μηνός Μαΐου (Τακτική Γενική Συνέλευση) και εκτάκτως (Έκτακτη Γενική Συνέλευση) όποτε υπάρχει ανάγκη. Η Ένωση διοικείται από 7μελές Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) το οποίο εκλέγεται κάθε δύο χρόνια από το σύνολο των ταμειακά τακτοποιημένων μελών. Άλλα όργανα διοίκησης είναι α) το Συμβούλιο Δεοντολογίας, το οποίο συγκαλείται για να εξετάσει περιπτώσεις συνεπούς εφαρμογής των αρχών επιστημονικής ηθικής και δεοντολογίας που πρέπει να διέπουν τη δράση των μελών της ΕΝΑΠ, β) η Ελεγκτική Επιτροπή, τα τρία μέλη της οποίας, εκλέγονται ταυτόχρονα με τα μέλη του Δ.Σ. από τη Γενική Συνέλευση και ασκούν διαχειριστικές ελεγκτικές αρμοδιότητες.

Μέχρι σήμερα το Δ.Σ. της Ένωσης Αποφοίτων έχει λειτουργήσει υπό 10 διαφορετικές συνθέσεις:

2016-Σήμερα

Πρόεδρος:

Βασίλειος Σαλτερής (ΚΓ΄ Σειρά ΕΣΔΔΑ)

Σύνθεση

2014-2016:

Πρόεδρος:

Σπύρος Τσουκαλάς (ΙΗ’ Σειρά ΕΣΔΔ)

Σύνθεση

2012-2014:

Πρόεδρος:

Τάσος Σαλτερής (ΙΗ’ Σειρά ΕΣΔΔ)

Σύνθεση

2010-2012:

Πρόεδρος:

Γιάννης Αλεξάκης (ΙΖ’ Σειρά ΕΣΔΔ)

Σύνθεση

2008-2010:

Πρόεδρος:

Γρηγόρης Θεοδωράκης (ΙΔ’ Σειρά ΕΣΔΔ)

Σύνθεση

2005-2008:

Πρόεδρος:

Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου (Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

Σύνθεση

2003-2005:

Πρόεδρος:

Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου (Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

Σύνθεση

2001-2003:

Πρόεδρος:

Παναγιώτης Ζαρίφης (ΙΑ΄ Σειρά ΕΣΔΔ) μέχρι τον Ιούνιο του 2002

Σύνθεση

Πρόεδρος:

Νίκος Λένος (Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ) από τον Ιούνιο του 2002

Σύνθεση

1999-2001:

Πρόεδρος:

Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου (Η΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

Σύνθεση

1997-1999:

Πρόεδρος:

Κωνσταντίνος Παπαδημητρίου (Η’ Σειρά ΕΣΔΔ)

Σύνθεση

1996-1997:

Πρόεδρος:

Αθανάσιος Παναγιωτόπουλος (Ε΄ Σειρά ΕΣΔΔ)

Σύνθεση